El origen del Santuario se remonta a marzo de 1663 cuando en una visita que realizó a Teocaltiche el Obispo de Guadalajara, éste da permiso para que se pida dinero para construir una nueva capilla. En 1732 se comienza a construir otra una nueva capilla que remplazaría a la antigua gracias a que el dueño de las minas y Hacienda de Pabellón, en el actual Aguascalientes, Don Lucas López de Fonseca pagara la obra en su totalidad. El Santuario se terminó en 1742.
La comunidad entera dedicó el 6 de Agosto para festejar al Nazareno.
El Santuario tiene un retablo dedicado a la Pasión de Cristo, de gran valor dentro del Arte Sacro Nacional por ser uno de los pocos que quedan de este tipo, y también por encontrarse en buenas condiciones.
Se dice que es uno de los pocos templos elegidos y autorizados para realizar exorcismos; para ello se utilizan diversos símbolos, entre los que destaca “La Rosa de los Vientos”, que se encuentra bajo la Cúpula Mayor, cerca del altar principal.
Teocaltiche cuenta con una de las pocas obras de este tipo que existen en el Estado de Jalisco.